V noci na 10. července postihla Napajedla druhá záplavová vlna, větší. Protékající voda ze sídliště Nábřeží podél západní stěny budovy sokolovny dosahovala výšky přes 1 metr. Budova sokolovny stejně jako ostatní domy v této části města byla v suterénních prostorách zatopena po dobu čtyř dnů, než začala opadat. V chodbách, chodbách, šatnách, skladech, pod velkým společenským sálem voda dosahovala až 1,6m tj. o více než 1m než při první záplavové vlně. Odstraňování následků povodně mohlo být zahájeno až po týdnu, po návratu řeky Moravy zpátky do původního koryta. Práce s odstraňováním následků a škod, těch bezprostředních zaměstnaly členy jednoty a další ochotné občany za účinné pomoci hasičských sborů a jejich techniky a fekálních vozů Agropodniku další týden. Byla vyčerpána voda, vyklizeno bahno a zničené vnitřní zařízení. Důsledky zatopení byly katastrofální. Jako následná škoda se během dalšího týdne vzedmula parketová podlaha ve velkém společenském sále. 21. července byly České Kooperativě ve Zlíně předány všechny doklady o hlášení pojistné události. 23. července navštívili sokolovnou pracovníci likvidační skupiny. Provedený zápis potvrdil hlášené škody v rozsahu 1 200 000,-Kč a bylo dohodnuto, že podle předložených rozpočtů jednotlivých částí oprav budou poskytovány finanční zálohy. Opravy byly rozděleny do dvou etap. V první opravit prostory šaten a umýváren, WC, a přístupovou chodbu, obnovení topení. Prví etapu se podařilo splnit a 1. listopadu bylo zahájeno pravidelné cvičení. Postupně pokračovaly další opravy s termínem 30. června 1998. Život jednoty se vracel do původních kolejí, ale přesto počet cvičících členů, zejména dětí, podstatně klesl. Postupně byly opraveny bývalé šatny gymnastů, ze skladišť pod jevištěm byla vybudována posilovna. Původní orchestřiště bylo rekonstruováno, prostor pod jevištěm a částí sálu, zpevněn kovovou konstrukcí. Podobně byly rekonstruovány prostory pod kulisárnou. Byly opraveny základy a izolace severní části budovy, provedena generální oprava elektroinstalace, souběžně byla vyměněna poškozená okna a vstupní dveře. Byly vyměněny parkety ve velkém společenském sále.

Dokončeno zateplení stěny tělocvičny a nové omítky. Celá rekonstrukce byla dokončena v plánované lhůtě. Z popisu toho, co muselo být vykonáno, aby sokolovna vypadala jak vypadá je zřejmá mimořádná obětavost, nasazení, kterou musel vyvinout celý výbor, členové, ale největší podíl zásluhy, na tom, že dopadlo všechno tak jak dopadlo, připadá na jednatele bratra Milana Vykoukala.

1. září 1998 byl zahájen nový cvičební rok. K oddílům sokolské všestrannosti mužů a žen přibyly další – sportovní gymnastika žáků, aerobik žen a dětí, jóga a rodiče s dětmi. Příprava na XIII. všesokolský slet po předchozím narušení nebyla vůbec jednoduchá. Přesto, k nácviku sletové skladby věrné gardy žen se přihlásilo 14 cvičenek. Nácvik vedly Eva Kolomazníková, Jaroslava Karasová a Jaroslava Vykoukalová. Do nácviku skladby Bolero se zapojilo 6 mladých žen pod vedením Ley Kopecké.

V následujícím cvičebním roce došlo k ustavení oddílu míčových her dospělých a mládeže, a oddíl dětského aerobiku. Žactvo z oddílu sportovní gymnastiky se zúčastnilo župní soutěže v plavání, sportovní gymnastice a šplhu. Sokolská jednota má v roce 1999 276 členů.

Výpravu 14 cvičenek skladby věrné gardy a 3 cvičenek aerobiku doprovázeli na XIII. všesokolský slet v Praze ve slavnostních krojích náčelník, náčelnice a praporečník se sokolským praporem naší jednoty. Členové jednoty se zúčastnili v rámci předsletové aktivity srazu Sokolů na Radhošti a Tesáku. Vystoupili na sokolském dnu ve Zlíně a župních sletech v Hodoníně a Uherském Brodě. Žactvo bodovalo na župních závodech sokolské všestrannosti, v plavání a lehké atletice v Bzenci, v gymnastice v Malenovicích a ve Zlíně. Tradičně se konalo pro děti a mládež sportovně zábavné odpoledne „Hledání velikonočního vajíčka“ a Mikulášská besídka“. Pro veřejnost byla připravena tělocvičná akademie a Sokolská zábava. V roce 2000 měla jednota 278 členů..